จากกรณีที่เจ้าของโกดัง ให้เช่าเก็บสินค้าในโครงการรับจำนำข้าวของรัฐบาล นำสื่อมวลชน พร้อมเจ้าหน้าที่เข้าร่วมสังเกตการณ์กองข้าว 30,000 สอบเน่าเสีย เนื่องจากถูกทิ้งไว้นาน 4 ปี และไม่ได้รับการดูแลรักษาอย่างถูกต้อง ซึ่งทางบริษัทฯ ได้ออกหนังสือแจ้งให้ทราบ และขอให้ดำเนินการแก้ไขแต่กลับเพิกเฉย จนเสียหายมูลค่ากว่า 30 ล้านบาท และค้างค่าเช่า 467 ล้าน นั้น
นายไพศาล เตี๋ยวงษ์สุวรรณ์ รองผู้อำนวยการ รักษาการผู้อำนวยการองค์การคลังสินค้า ชี้แจงว่าค่าใช้จ่ายจากค่าฝากเก็บ ,ค่าเช่าและค่าแรงกรรมกร ที่ยังคงค้างจ่ายจากคลังสินค้าที่มีสัญญาเช่าคลังฯ และสัญญาฝากเก็บฯ เท่ากับ จำนวน 324,398,405.30 บาท กรณีดังกล่าวเป็นค่าใช้จ่ายที่ค้างจากสัญญาฝากเก็บและสัญญาเช่ารวม 18 คลัง ตั้งแต่เดือนมกราคม 2559 – เดือนมิถุนายน 2562 ขอชี้แจงว่า ยังไม่สามารถจ่ายให้ได้ เนื่องจากบริษัทฯ ได้ถูกฟ้องร้องดำเนินคดีจากคลังสินค้าบริษัทสิงโตทองฯ กรณีเป็นข้าวไม่ได้มาตรฐาน และสัญญาจ้างปรับปรุงข้าวสารบรรจุถง จำนวน 5 สัญญา ซึ่งขณะนี้อยู่ระหว่างองค์การคลังสินค้า ฟ้องร้องค่าเสียหายรวมดอกเบี้ยเป็นเงิน 5,297,875,350.31 บาท เพื่อเป็นการรักษาผลประโยชน์ของทางราชการ จึงยังไม่อาจจ่ายค่าใช้จ่ายส่วนที่ค้างได้ ประกอบกับกรณีดังกล่าว สำนักงานอัยการสูงสุดได้เคยมีความเห็นว่ากรณีที่องค์การคลังสินค้า และผู้ประกอบการที่เป็นคู่สัญญาต่างเป็นเจ้าหนี้/ลูกหนี้ มีความผูกพันซึ่งกันและกัน โดยมีมูลหนี้อันมีวัตถุเป็นอย่างเดียวกัน
อย่างไรก็ตาม องค์การคลังสินค้า ยังมีข้อจำกัดในการหักกลบหนี้ตามกฎหมาย บริษัท สิงห์โตทองฯ ได้แจ้งกับองค์การคลังสินค้าว่า บริษัทฯ ไม่ยอมรับในเรื่องการหักกลบลบหนี้โดยขอให้องค์การคลังสินค้าพิจารณาทบทวนการหักกลบลบหนี้ดังกล่าว และขอให้จ่ายค่าใช้จ่ายค้างจ่ายสำหรับสัญญาที่ไม่ถูกแจ้งความดำเนินคดี ส่วนสัญญาที่ถูกแจ้งความดำเนินคดีขอให้รอคำพิพากษาจากศาลต่อไป หากศาลมีคำพิพากษาอย่างไรก็จะปฏิบัติตามนั้น กรณีปัญหาข้าวเน่านั้น เป็นข้าวสารจากการคัดแยก กรณีเกิดเพลิงไหม้ และจากการตรวจสอบพบว่ามีพฤติกรรมล้อมกองข้าว
